Opodatkowaniu podatkiem tonażowym podlega działalność polegającą na świadczeniu usług w żegludze międzynarodowej, z wykorzystaniem statków o pojemności brutto (GT) powyżej 100 jednostek każdy, w zakresie:

1. przewozu ładunku lub pasażerów - z tym, że w przypadku usług świadczonych przez:
   1. holownik - co najmniej 50% czasu pracy faktycznie wykonywanej w ciągu roku stanowi przewóz ładunku lub pasażerów drogą morską,
   2. pogłębiarkę - co najmniej 50% czasu pracy faktycznie wykonywanej w ciągu roku stanowi przewóz wydobytego materiału drogą morską,
2. ratownictwa pełnomorskiego.

Opodatkowaniu może podlegać inna działalność ściśle wskazana w ustawie, np. dzierżawy i użytkowania kontenerów, prowadzenia działalności załadunkowej, rozładunkowej i naprawczej, czy prowadzenia terminali pasażerskich, pod warunkiem, że jest związana ze świadczeniem wyżej wymienionych usług.

Ponadto opodatkowaniu podlegają przychody uzyskane ze sprzedaży statku wykorzystywanego w opodatkowanej tym podatkiem działalności, w części niewykorzystanej na nabycie własności lub udziału we współwłasności, remont, modernizację lub przebudowę statków, w okresie 3 lat od dnia sprzedaży.

Przedsiębiorcy żeglugowi, przez co rozumie się:

1. osobę fizyczną, osobę prawną i spółkę, o której mowa w art. 1 ust. 3 pkt 1 i 1a ustawy z dnia 15 lutego 1992 r. o podatku dochodowym od osób prawnych, mającą odpowiednio miejsce zamieszkania albo siedzibę lub zarząd na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, która spełnia przynajmniej jeden z warunków:
   1. we własnym imieniu uprawia żeglugę statkiem własnym lub cudzym oraz posiada ważny Dokument Zgodności,
   2. jest właścicielem statku, ale nie uprawia równocześnie we własnym imieniu żeglugi statkiem własnym lub cudzym,
   3. zarządza cudzym statkiem, w cudzym imieniu i na cudzą rzecz na podstawie umowy, oraz posiada ważny Dokument Zgodności,
2. wspólnika spółki cywilnej i spółki jawnej niebędącej podatnikiem podatku dochodowego od osób prawnych, mającego siedzibę, zarząd lub miejsce zamieszkania na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej, która spełnia przynajmniej jeden z warunków:
   1. we własnym imieniu uprawia żeglugę statkiem własnym lub cudzym oraz posiada ważny Dokument Zgodności,
   2. jest właścicielem statku, ale nie uprawia równocześnie we własnym imieniu żeglugi statkiem własnym lub cudzym,
   3. zarządza cudzym statkiem, w cudzym imieniu i na cudzą rzecz na podstawie umowy, oraz posiada ważny Dokument Zgodności,
3. przedsiębiorcę zagranicznego w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 6 marca 2018 r. o zasadach uczestnictwa przedsiębiorców zagranicznych i innych osób zagranicznych w obrocie gospodarczym na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej prowadzącego na terytorium Rzeczypospolitej Polskiej działalność, o której mowa w art. 3 ust. 1 i 2, który spełnia przynajmniej jeden z warunków:
   1. we własnym imieniu uprawia żeglugę statkiem własnym lub cudzym oraz posiada ważny Dokument Zgodności,
   2. jest właścicielem statku, ale nie uprawia równocześnie we własnym imieniu żeglugi statkiem własnym lub cudzym,
   3. zarządza cudzym statkiem, w cudzym imieniu i na cudzą rzecz na podstawie umowy, oraz posiada ważny Dokument Zgodności

Obowiązek podatkowy jest ściśle związany z użytkowaniem statku, który podlega opodatkowaniu podatkiem tonażowym.

W przypadku sprzedaży statku obowiązek podatkowy powstaje w odniesieniu do części niewykorzystanej na nabycie własności lub udziału we współwłasności, remont, modernizację lub przebudowę statków, w okresie 3 lat od dnia sprzedaży.

Podstawę opodatkowania podatkiem tonażowym stanowi dochód przedsiębiorcy żeglugowego, odpowiadający iloczynowi dobowej stawki (uzależnionej od pojemności netto statku) oraz okresu eksploatacji w danym miesiącu wszystkich statków przedsiębiorcy, z których dochód opodatkowany jest podatkiem tonażowym.

Organem podatkowym właściwym w sprawach zryczałtowanego podatku jest naczelnik urzędu skarbowego właściwy w sprawach podatku dochodowego.