Przypominamy, że generalnie dla jednej deklaracji powinien być złożony jeden plik, dlatego też odrębne pliki powinny być scalone przed ich wysłaniem. Zachowanie takich reguł przekłada się bezpośrednio na wyniki analiz plików JPK_VAT, prowadzonych przy użyciu narzędzi informatycznych, ponieważ drugi i kolejny plik za ten sam okres traktowany jest jak korekta pierwotnego pliku. O uznaniu pliku za podstawowy lub korektę decyduje pole „cel złożenia" (0- plik podstawy,1, 2, 3… – plik skorygowany). Gdy w różnych plikach pole to ma taka samą wartość, decyduje data złożenia pliku a w przypadku złożenia w tym samym dniu – godzina przesłania pliku. To właśnie od daty utworzenia JPK_VAT zależy, który z przesłanych plików JPK_VAT jest plikiem finalnym.
Obecnie zdarzają się sytuacje, w których podatnicy – pomimo składania jednej deklaracji VAT – przesyłają kilka plików JPK_VAT dotyczących tej samej deklaracji. Może to wynikać ze struktury danego przedsiębiorstwa oraz rozwiązań wprowadzonych dla celów ewidencyjnych, np. funkcjonowania kilku systemów.
Prosimy o przestrzeganie tych zasad i dostosowanie używanych systemów informatycznych. Wyeliminuje to sytuacje, w których podatnik otrzyma powiadomienie o stwierdzonych nieprawidłowościach, ponieważ tylko jeden z przesłanych plików zostanie uznany za aktualnie obowiązującą wersję.
Dodatkowo przypominamy także o dochowaniu staranności przy wypełnianiu poszczególnych pozycji JPK_VAT: pola „od" i „do" powinny zawierać odpowiednio pierwszy i ostatni dzień miesiąca, za który jest składany plik.