Jeśli w przesłanym pliku JPK_VAT wystąpią niezgodności, do podatnika zostanie skierowane powiadomienie w postaci: - e-maila z adresu jpk.powiadomienia@mf.gov.pl – na adres elektroniczny lub - wiadomości tekstowej SMS – na numer telefonu, który został wskazany w zgłoszeniu identyfikacyjnym lub aktualizacyjnym [od nowego roku również w pliku JPK_VAT (3)]. Komunikat z Ministerstwa Finansów (w postaci wiadomości e-mail /sms) o zidentyfikowaniu niezgodności w JPK_VAT rodzi konieczność weryfikacji przez podatnika poprawności rozliczenia za dany okres i ewentualną korektę deklaracji lub korektę JPK_VAT albo też kontakt z właściwym dla podatnika urzędem skarbowym, celem wyjaśnienia przyczyn stwierdzonej w pliku niezgodności. Komunikat jest przy tym jedynie informacją i nie wiąże się automatycznie z negatywnymi konsekwencjami dla podatnika. Jeśli po jego otrzymaniu podatnik samodzielnie dokona korekty rozliczenia podatkowego, to nie pojawią się konsekwencje w postaci podwyższonych odsetek za zwłokę (150%). Brak reakcji ze strony podatnika na powiadomienie o niezgodnościach spowoduje zainicjowanie przez urząd skarbowy czynności sprawdzających.