JPK_VAT może być podpisywany kwalifikowanym podpisem elektronicznym lub przy użyciu profilu zaufanego. Ponadto podatnicy będący osobami fizycznymi mogą podpisać plik zestawem unikalnych danych w postaci elektronicznej dotyczących tego podatnika (dane autoryzujące) obejmującym:
- identyfikator podatkowy NIP albo identyfikator podatkowy numer PESEL
- imię (pierwsze)
- nazwisko
- datę urodzenia;
- kwotę przychodu za rok podatkowy o dwa lata wcześniejszy niż rok przesyłania księgi lub wartość „0” w przypadku nie złożenia zeznań
Wysyłka pliku JPK_VAT w czyimś imieniu wymaga uprzedniego złożenia w urzędzie skarbowym pełnomocnictwa do podpisywania deklaracji składanej za pomocą środków komunikacji elektronicznej (UPL-1).