Z przeprowadzonego audytu Szef KAS sporządza: 

• opinię pozytywną,
• zalecenia wskazujące, jakie czynności podatnik powinien podjąć w celu usunięcia nieprawidłowości stwierdzonych w ramach audytu, 
• opinię negatywną.

W przypadku wydania przez Szefa KAS zaleceń w wyniku audytu wstępnego, podatnik podejmuje decyzję, co do ich wdrożenia i informuje o tym zespół audytowy.

Po wdrożeniu zaleceń podatnik przekazuje zespołowi audytowemu informację o ich realizacji. Wówczas audyt wstępny zostaje wznowiony w celu weryfikacji, czy podatnik prawidłowo zastosował się do zaleceń.

Po potwierdzeniu przez zespół audytowy prawidłowości wdrożenia zaleceń Szef KAS wydaje opinię pozytywną z audytu wstępnego. W przypadku niezastosowania się podatnika do wydanych zaleceń Szef KAS wydaje opinię negatywną.