Decyzja w tym zakresie będzie leżała po stronie podatnika. Obowiązek zgłaszania do Szefa KAS zagadnień podatkowych mogących stać się źródłem sporu z organem podatkowym powoduje, że podatnik może na bieżąco konsultować z Szefem KAS pojawiające się wątpliwości dotyczące stosowania prawa podatkowego. W przypadku wystąpienia wątpliwości interpretacyjnych w zakresie stosowania prawa podatkowego podatnik powinien przedstawić dane zagadnienie Szefowi KAS, który zajmie w tym zakresie stanowisko. Jeśli podatnik się z nim zgodzi wówczas zostanie zawarte porozumienie podatkowe. Podatnik będzie miał obowiązek zgłaszania tych zagadnień tylko w przypadku przekroczenia progu istotności, co nie znaczy, że poniżej tego progu podatnik nie może zwrócić się do Szefa KAS o zajęcie stanowiska. Ponadto w ramach współpracy po podpisaniu umowy będą organizowane cykliczne spotkania, na których będą omawianie plany podatnika i związane z nimi ryzyka podatkowe. Dodatkowo należy wyjaśnić, że po zawarciu umowy będą na podatniku spoczywały obowiązki informacyjne, a uzyskane w ten sposób informacje, będą poddane analizie w ramach audytu monitorującego. Jeśli Szef KAS uzna, że dana czynność, w jego ocenie, może budzić wątpliwości pod kątem prawidłowości stosowania prawa podatkowego, wówczas zwróci się do podatnika o złożenie niezbędnych wyjaśnień w sprawie. W związku z tym Szef KAS w ramach podejmowanych czynności audytowych będzie również weryfikował, czy nie pojawiły się zagadnienia budzące wątpliwości podatkowe.

W rozumieniu art. 3 pkt 18 ustawy Ordynacja podatkowa podmiot uczestniczący w Programie Współdziałania (PW) jest zwolniony z raportowania krajowych schematów podatkowych.

Poza tym definicja zwarta w art. 86a §. 1 pkt 4 lit. a i b ustawy Ordynacja podatkowa dotyczy tylko realizacji obowiązku MDR. Natomiast definicja zwarta w art. 3 pkt 18 ustawy Ordynacja podatkowa ma zastosowanie do całej Ordynacji podatkowej, w tym Współdziałania. W związku z powyższym przez korzyść podlegającą zgłoszeniu w ramach PW należy rozumieć:

1. niepowstanie zobowiązania podatkowego, odsunięcie w czasie powstania zobowiązania podatkowego lub obniżenie jego wysokości,
2. powstanie lub zawyżenie straty podatkowej,
3. powstanie nadpłaty lub prawa do zwrotu podatku albo zawyżenie kwoty nadpłaty lub zwrotu podatku,
4. d. brak obowiązku pobrania podatku przez płatnika, jeżeli wynika on z okoliczności wskazanych w lit. a.

Zgłoszeniu powinny podlegać zarówno czynności podejmowane głównie w celu uzyskania korzyści podatkowej, jak i czynności podejmowanych w toku normalnej działalności gospodarczej, których skutkiem ubocznym może być uzyskanie korzyści podatkowej. Tak szerokie podejście do zgłaszania korzyści podatkowych ma na celu budowę zaufania i transparentności w relacji z administracją skarbową, poza tym zapewnia, że podmiot uczestniczący w PW analizuje czynności podejmowane w toku normalnej działalności gospodarczej pod kątem ich skutków podatkowych.

Aby możliwa była współpraca w czasie rzeczywistym, podatnik powinien zgłaszać, jak najszybciej to możliwe, zamiar podjęcia czynności mogących skutkować powstaniem korzyści podatkowej. Zatem optymalnym rozwiązaniem byłoby zgłoszenie zarówno korzyści podatkowej jak i wątpliwości w zakresie stosowania na etapie planowania konkretnych działań lub nawet w fazie rozważania możliwości podjęcia działań. Szczegółowe ustalenia w tym zakresie, mogą zostać doprecyzowane w umowie o współdziałanie.

Dla każdego podatnika po przeprowadzeniu audytu wstępnego zakończonego opinią pozytywną będzie sporządzany projekt indywidualnego planu nadzoru (IPN), który będzie przekazywany do podatnika do zapoznania się przed podpisaniem umowy o współdziałanie.

W indywidualnym planie nadzoru będzie zawarty zbiór planowanych wobec podatnika czynności nadzorczych w określonej perspektywie czasowej, których celem jest weryfikacja poprawności realizowania obowiązków wynikających z umowy. W IPN określa się częstotliwość i rodzaj planowanych czynności nadzorczych oraz określa możliwe do zastosowania czynności nadzorcze ad hoc. Częstotliwość i zakres planowanych czynności nadzorczych będą uzależnione od oceny poziomu ryzyka ustalanego na podstawie informacji uzyskanych w toku audytu podatkowego i bieżącej współpracy w ramach umowy. IPN – będzie określać reakcję na ryzyko podatkowe, która powinna być adekwatna do jego istotności. IPN jest elementem profilu podatnika, który stanowi zbiór informacji o podatniku oraz zidentyfikowanych u niego ryzyk, ich oceny i sposobie zarządzania tymi ryzykami przez KAS.

Indywidualny plan nadzoru będzie uzależniony od oceny poziomu ryzyka, dlatego długość trwania planu będzie elastyczna - im wyższy poziom ryzyka tym okres objęty planem będzie krótszy. Przewidywane okresy na jaki będzie sporządzany plan: od roku do 4 lat.

W stosunku do części obowiązków informacyjnych częstotliwość ich realizowania będzie zależna od poziomu skuteczności i adekwatności ram wewnętrznego nadzoru podatkowego, czyli od ogólnej oceny poziomu ryzyka - im mniejsze ryzyko tym rzadsza częstotliwość realizowania tych obowiązków wynikająca z IPN.

W IPN będzie regulowana częstotliwość przekazywania informacji:

1. w postaci plików JPK – schemat: KR, FA, MAG, WB;
2. o wdrożonych lub planowanych istotnych zmianach w zakresie RWNP,
3. o istotnych zdarzeniach finansowych, rachunkowych i prawnych mających wpływ lub mogących mieć wpływ na funkcjonowanie przedsiębiorstwa,
4. dotyczących oceny prawidłowości realizacji obowiązków podatkowych lub funkcjonowania ram wewnętrznego nadzoru podatkowego uzyskanych w wyniku realizacji kontroli i audytów wewnętrznych oraz zlecanych przez Podatnika audytów zewnętrznych, w tym niezależnego audytu funkcji podatkowej, a także informacji o podjętych działaniach naprawczych,
5. w zakresie zagadnień potencjalnie spornych, w obszarach wysokiego i niskiego ryzyka będzie regulowana poprzez określenie odpowiednio niskiego lub wysokiego poziomu progu istotności, które będą wskazane w okresowym indywidualnym planie nadzoru.

Okresowy indywidualny plan nadzoru w przypadku planowanego w siedzibie lub oddziałach podatnika audytu monitorującego powinien zawierać nie tylko jego zakres i termin realizacji, ale i wstępny plan audytu oraz wstępny harmonogram czynności audytowych ustalany z podatnikiem.

Częstotliwość i formy nadzoru w zakresie planowanego audytu monitorującego będą uzależnione nie tylko od ogólnego poziomu ryzyka – ale i od poszczególnych obszarów wysokiego lub niskiego ryzyka.

Audyt monitorujący w siedzibie podatnika będzie możliwy do realizacji ad hoc w przypadku:

1. istotnej zmiany w zakresie RWNP albo
2. z uwagi na konieczność wyjaśnienia wątpliwości w zakresie prawidłowości realizowania obowiązków podatkowych, albo
3. w związku z wnioskiem o zawarcie porozumienia podatkowego.

Audyt monitorujący bez udziału podatnika będzie przeprowadzany na podstawie przekazywanych przez podatnika informacji i dokumentów oraz będących w posiadaniu KAS, a także na podstawie informacji publicznie dostępnych. Te czynności będą miały charakter ciągły.

Efekt tych czynności będzie się przejawiał zmianą oceny ryzyka w przypadku stwierdzenia nieprawidłowości (zwiększenie ryzyka) lub w przypadku ich braku (zmniejszenie ryzyka) - co z kolei będzie miało wpływ na częstotliwość zastosowania innych form nadzoru.

Plan ma elastyczny charakter, może bowiem podlegać modyfikacji, gdy jest to uzasadnione:

1. zmianą oceny ryzyka lub pojawianie się nowego ryzyka,
2. zmianą reakcji na ryzyko w wyniku zastosowania czynności nadzorczej ad hoc. Jeśli zastosowany ad hoc środek nadzoru nie wpłynie na zmianę oceny ryzyka, ale zastosowanie następczo planowanego środka jest już niecelowe, albo konieczna jest zmiana zakresu czynności nadzorczej, np. zamiana audytu monitorującego bez udziału podatnika na audyt w siedzibie podatnika.

Zmiana planu nadzoru zamiast zwiększenia działań ad hoc pozwala na ustalenie nowego zakresu i formy działań nadzorczych oraz harmonogramu ich realizacji, co umożliwi podatnikowi udział w planowaniu. Aktualny IPN zawsze będzie udostępniony podatnikowi, a o wszelkich zmianach w IPN oraz przyczynach ich wprowadzenia podatnik będzie każdorazowo informowany.

Jedną z podstawowych zasad Programu jest „zgoda na brak zgody”. Udział w Programie nie wyklucza możliwości wejścia w spór z administracją skarbową. W przypadku rozbieżnych stanowisk w zakresie danego zagadnienia podatkowego, obie strony umowy o współdziałanie powinny dążyć do jak najszybszego rozstrzygnięcia sporu przed sądem administracyjnym. W przypadku nie zawarcia porozumienia podatkowego w zakresie określonym w przepisie art.20zb Ordynacji Podatkowej podatnik może zwrócić się o wydanie m.in. indywidualnej interpretacji podatkowej, opinii zabezpieczającej oraz innych instrumentów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego. Jeśli Dyrektor KIS wyda interpretację, która również nie będą zgodne ze stanowiskiem podatnika, spór może być przedmiotem rozstrzygnięcia sądu.

Zgodnie z uzasadnieniem do art. 20z. ustawy Ordynacja podatkowa wypowiedzenie umowy skutkuje możliwością rozwiązania zawartych po podpisaniu umowy porozumień podatkowych, ale tylko tych, których funkcjonowanie po rozwiązaniu umowy będzie niecelowe, np. porozumienia dotyczące ram wewnętrznego nadzoru podatkowego. Odstępstwo od tej zasady i rozwiązanie z podatnikiem porozumień podatkowych w sprawie interpretacji przepisów podatkowych skutkować mogłoby ryzykiem rozwiązywania umów także przez inne podmioty objęte Programem, ponieważ w tej sytuacji porozumienia dawałyby mniejszą ochronę prawną niż interpretacje podatkowe. W konsekwencji podstawowa korzyść z udziału w Programie jakim jest gwarancja stosowania prawa nie byłaby realizowana.

Niezależny audytor funkcji podatkowej powinien spełniać wymagania ustawowe. Pozostałe ewentualne wymagania zależą od ram wewnętrznego nadzoru podatkowego wdrożonych przez danego podatnika, np. w zakresie potencjału, doświadczenia zawodowego, zdolności technicznych i zawodowych, sytuacji ekonomicznej, a także okresowej zmiany niezależnego audytora funkcji podatkowej oraz składu zespołu wspierającego realizację niezależnego audytu funkcji podatkowej (NAFP) przez tego audytora.

Należy podkreślić, że NAFP jest realizowany w ramach czwartej linii obrony przed nieprawidłowościami w zakresie podatków. Jego celem jest danie podatnikowi zapewnienia, że prawidłowo realizuje obowiązki podatkowe. Nałożenie odpowiednich wymogów w tym zakresie na wykonawcę tej usługi ma na celu zapewnienie jak najwyższej jakości przeprowadzonego audytu i świadczy jednocześnie o poziomie dojrzałości wdrożonych przez podatnika ram wewnętrznego nadzoru podatkowego.

Podobne wymogi jak wobec niezależnego audytora powinny dotyczyć także innych elementów zewnętrznych mechanizmów nadzoru podatkowego wykorzystywanych przez podatnika w ramach czwartej linii obrony jak np. doradztwo podatkowe.