PIT może być:
- pobierany w trakcie roku podatkowego przez płatnika w formie zaliczek (np. od dochodów ze stosunku pracy) lub podatku zryczałtowanego (np. od przychodów z tytułu udziału w zyskach osób prawnych),
- płacony w trakcie roku podatkowego bezpośrednio przez podatnika, w tym prowadzącego pozarolniczą działalność gospodarczą, w formie zaliczek na podatek,
- płacony przez podatnika przy rozliczeniu rocznym (np. od alimentów).
Zaliczki wpłacane są zasadniczo w okresach miesięcznych. Mali podatnicy oraz podatnicy, którzy rozpoczynają prowadzenie działalności gospodarczej, mogą wpłacać zaliczki na podatek dochodowy w systemie kwartalnym. Dotyczy to także podatku dochodowego pobieranego w formie ryczałtu.
Szczególnym sposobem obliczania wysokości zaliczek jest system uproszczony. Wysokość zaliczek jest w nim uzależniona od podatku należnego wykazanego w zeznaniu złożonym w roku poprzedzającym dany rok podatkowy lub – w przypadku poniesienia w tym roku straty – w zeznaniu złożonym w roku poprzedzającym dany rok podatkowy o 2 lata. W tym systemie zaliczki są wpłacane zawsze w okresach miesięcznych.
Podatnicy, którzy w swojej działalności wykorzystują określone środki trwałe o sumie wartości początkowej przekraczającej 10 mln zł, mają obowiązek obliczania podatku od tej nadwyżki. W praktyce wyznacza on minimalną wysokość należnego podatku dochodowego, ponieważ jest odliczany od obliczonego podatku, także na etapie ustalania wysokości zaliczek.