W pliku JPK_FA raportowane są wyłącznie faktury sprzedaży podatnika, do którego zostało skierowane żądanie przekazania tych faktur. Faktury wystawione za pomocą programów komputerowych w imieniu innego podatnika VAT (tzw. „samofakturowanie”) powinny być dostępne i przekazane w formie pliku JPK_FA temu podatnikowi, jeśli organ podatkowy zwróci się do niego z żądaniem dostarczenia jego faktur sprzedaży.