Jeśli faktury wystawiane są za pomocą programu komputerowego, powinien on również wytwarzać plik JPK_FA. Jeśli program nie ma takiej funkcji, powinien zostać zaktualizowany. Należy pamiętać, że ani Ordynacja podatkowa ani inne ustawy nie wprowadzają obowiązku wystawiania faktur za pomocą programów komputerowych.