Wystawienie faktury końcowej jest uzależnione od tego, czy faktura zaliczkowa obejmowała całość zapłaty za dostawę towaru lub świadczenie usługi, czy tylko jej część. Wystawienie faktury końcowej następuje wtedy, gdy zaliczka nie opiewała na pełną wartość zamówienia. Nie ma obowiązku wystawiania faktury końcowej, a tym samym ujmowania jej w JPK_VAT, jeżeli faktura zaliczkowa, czy też kilka faktur zaliczkowych do jednego zlecenia pokrywają całość zapłaty